Les milieux humides et les sols hydromorphes sont des composantes essentielles du patrimoine naturel. Ils assurent plusieurs fonctions écologiques majeures : ils régulent le cycle de l'eau en absorbant les crues et en alimentant les nappes phréatiques, filtrent naturellement les polluants, abritent une biodiversité remarquable et participent à la lutte contre le changement climatique en stockant le carbone. Leur préservation constitue donc un enjeu central dans toute procédure d'autorisation environnementale.
Dans le cadre du projet de ligne nouvelle Bordeaux - Toulouse, de nombreux travaux préparatoires et sondages géotechniques sont prévus sur des terrains susceptibles de comporter des zones humides, des fossés, des ripisylves et des sols hydromorphes. Ces milieux sont particulièrement sensibles aux perturbations physiques et hydrologiques. Même des interventions temporaires peuvent modifier leur structure, leur alimentation en eau ou leur capacité d'épuration. Une altération de ces équilibres peut entraîner une dégradation durable, parfois irréversible, de leur fonctionnement écologique.
Les principaux risques identifiés concernent le drainage et la fragmentation des zones humides, la destruction des végétations typiques, la perturbation des réseaux d'eau souterraine, l'imperméabilisation des sols et la perte de connectivité entre habitats aquatiques et terrestres. Ces impacts ne se limitent pas aux seuls périmètres des travaux : ils peuvent s'étendre à l'échelle du bassin versant et affecter la qualité de l'eau, la faune, la flore et les services rendus aux populations locales.