Certaines espèces, en raison de leur rareté, de leur rôle écologique ou de leur statut juridique, constituent des indicateurs essentiels de la qualité environnementale d'un territoire. Leur présence impose une vigilance renforcée dans tout projet d'aménagement. Le Vison d'Europe (Mustela lutreola), espèce en danger critique d'extinction, est l'un de ces symboles : protégé au titre de la directive Habitats et par le Code de l'environnement, il bénéficie d'un Plan national d'action (PNA) spécifique visant à éviter toute dégradation supplémentaire de ses habitats.
Le territoire concerné par le projet de ligne nouvelle Bordeaux - Toulouse abrite encore des noyaux de population relictuels de Vison d'Europe, notamment dans les vallées de l'Eau Blanche, du Cordon d'Or et du Milan. Ces zones constituent des corridors aquatiques et boisés indispensables à sa survie, en lien avec des zones humides d'importance régionale. La fragmentation de ces milieux, la perturbation des cours d'eau et la destruction d'habitats potentiels peuvent avoir des effets irréversibles sur cette espèce, déjà menacée par la disparition de ses habitats et la concurrence du Vison d'Amérique.
Le dossier d'autorisation évoque le vison mais sans présenter d'analyse exhaustive de ses habitats, ni d'étude spécifique sur les effets du projet à l'échelle des populations. Les mesures compensatoires proposées ne garantissent pas le maintien d'un état de conservation favorable. Au regard du droit, ces lacunes sont majeures : elles conditionnent la légalité de la dérogation pour atteinte à une espèce strictement protégée.