Section 3 - La biodiversité et les espèces protégées

Introduction

La biodiversité constitue le fondement du fonctionnement des écosystèmes et de la stabilité des milieux naturels. Chaque espèce, qu'elle soit végétale ou animale, joue un rôle dans la régulation des cycles biologiques, la pollinisation, la qualité de l'eau, des sols et de l'air. Sa préservation est une obligation inscrite dans le Code de l'environnement, notamment à travers la protection stricte des espèces menacées et de leurs habitats.

Le projet de ligne nouvelle Bordeaux - Toulouse traverse des territoires riches en faune et en flore, où subsistent encore des milieux naturels remarquables. Les travaux préparatoires et les sondages géotechniques, même limités dans l'espace, peuvent provoquer des destructions d'habitats, des dérangements d'espèces, des pollutions ou des ruptures de continuité écologique. Ces effets peuvent concerner des espèces protégées au niveau national ou européen, comme la Loutre d'Europe, le Vison d'Europe, les chauves-souris, les amphibiens ou certaines espèces d'oiseaux d'eau.

Les enjeux sont d'autant plus importants que plusieurs de ces espèces figurent sur les listes rouges de l'Union internationale pour la conservation de la nature (UICN), dans des catégories allant de vulnérable à en danger critique d'extinction. Toute atteinte à leurs populations, même localisée, doit donc être strictement encadrée, justifiée et compensée selon des règles précises.

Cette section a pour but d'aider le public à comprendre comment la biodiversité et les espèces protégées ont été prises en compte dans le dossier d'autorisation, d'examiner si les inventaires et les évaluations sont complets et récents, et d'apprécier si les mesures prévues permettent effectivement de garantir la conservation des milieux et des espèces à long terme. Elle vise également à identifier les points où l'évitement, la réduction ou la compensation ne sont pas démontrés, afin de formuler un avis contradictoire fondé sur les principes du droit de l'environnement.

Les inventaires constituent la base de toute évaluation environnementale. Ils permettent d'identifier les espèces présentes, leurs habitats et les zones sensibles. Dans le dossier, certaines études datent de plusieurs années et ne précisent pas les périodes ni la fréquence des relevés. Les données postérieures à 2023, notamment celles issues des suivis associatifs ou de l'Office français de la biodiversité, ne semblent pas intégrées.

Si les inventaires ne sont pas récents, complets ou représentatifs des cycles biologiques, l'évaluation des impacts sur la biodiversité est insuffisante et doit être actualisée avant toute autorisation de travaux. Avis défavorable.

Le dossier regroupe plusieurs espèces sous des catégories générales, comme "faune aquatique" ou "mammifères semi-aquatiques", sans toujours distinguer leurs exigences écologiques propres. Par exemple, la Loutre et le Vison d'Europe sont souvent traités ensemble, alors que leurs besoins en habitat et en couverture végétale diffèrent sensiblement.

L'évaluation environnementale doit analyser séparément chaque espèce protégée concernée, faute de quoi elle ne répond pas aux exigences du Code de l'environnement et ne permet pas de juger de la légalité de la dérogation. Avis défavorable.

Le principe ERC impose d'éviter les atteintes aux espèces et à leurs habitats avant de chercher à les compenser. Le dossier mentionne des ajustements de tracé et des passages faune, mais sans démontrer que des alternatives moins destructrices ont été étudiées ou retenues. En l'absence de démonstration claire que les impacts sur la biodiversité ne pouvaient être évités, le projet ne respecte pas la hiérarchie ERC et contrevient à l'article L.163-1 du Code de l'environnement. Avis défavorable.

Le territoire concerné est déjà traversé par plusieurs infrastructures de transport et des zones d'activité. L'ajout d'une nouvelle emprise ferroviaire renforce la fragmentation écologique. Le dossier ne présente pas d'analyse des effets cumulés sur les corridors de déplacement des espèces.

Sans étude cumulative à l'échelle du paysage, les impacts sur la faune et la flore sont sous-estimés, ce qui constitue une lacune de l'évaluation environnementale. Avis défavorable.

Le dossier prévoit des passages faune, des clôtures et des replantations de haies. Ces mesures sont utiles pour certaines espèces mais peuvent s'avérer inadaptées pour d'autres. Par exemple, les passages sous ouvrages trop secs ou trop lumineux ne sont pas utilisables par les mammifères semi-aquatiques.

Les mesures de réduction doivent être fondées sur des études écologiques spécifiques à chaque groupe d'espèces ; à défaut, leur efficacité ne peut être considérée comme démontrée. Avis défavorable.

Pour justifier les atteintes aux espèces protégées, le projet doit démontrer que les mesures compensatoires permettront de maintenir ou de restaurer un état de conservation favorable. Or, le dossier ne prouve pas que les sites de compensation présentent les conditions écologiques nécessaires pour accueillir les espèces concernées.

Si le maintien de l'état de conservation favorable n'est pas démontré par des données scientifiques, la dérogation "espèces protégées" ne peut être légalement accordée. Avis défavorable.

Le suivi des espèces est indispensable pour vérifier l'efficacité des mesures et adapter la gestion en cas d'échec. Le dossier mentionne un suivi environnemental global mais ne précise pas les protocoles, les indicateurs ni la durée d'observation.

Sans suivi écologique défini et opposable, il est impossible de garantir la pérennité des mesures compensatoires, ce qui rend leur efficacité juridique et écologique incertaine. Avis défavorable.

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