La fragmentation écologique désigne la rupture des continuités naturelles qui permettaient aux espèces de circuler, de se nourrir, de se reproduire ou de se disperser. Elle constitue aujourd'hui l'une des principales causes d'érosion de la biodiversité en France. Lorsqu'une nouvelle infrastructure vient s'ajouter à un paysage déjà traversé par des routes, des voies ferrées, des canalisations ou des zones urbanisées, elle contribue à diviser les habitats naturels en parcelles isolées, souvent trop petites pour maintenir des populations viables.
Dans le cas du projet de ligne nouvelle Bordeaux - Toulouse, les effets ne se limitent pas aux seules emprises du chantier. Les travaux préalables, les pistes d'accès et les franchissements de cours d'eau s'inscrivent dans un contexte territorial déjà très anthropisé. Ils peuvent accentuer la dégradation des corridors écologiques reliant les vallées, les boisements, les zones humides et les milieux agricoles encore fonctionnels. Ces interactions peuvent provoquer une cascade d'effets : perte de connectivité, diminution de la diversité génétique, augmentation de la mortalité des espèces lors des déplacements et altération des fonctions écologiques essentielles.
L'évaluation des effets cumulés consiste à examiner non seulement l'impact direct du projet, mais aussi sa contribution à la pression globale exercée sur le milieu naturel. Elle est indispensable pour apprécier la compatibilité du projet avec les objectifs de protection de la biodiversité, notamment ceux fixés par la Trame verte et bleue et les schémas régionaux de cohérence écologique.