La protection de l'environnement repose sur un ensemble de règles et de principes inscrits dans le droit français et européen. Tout projet d'aménagement soumis à autorisation environnementale doit démontrer sa conformité à ces dispositions, notamment au principe de prévention, au principe de précaution, au principe pollueur-payeur et à la hiérarchie "éviter, réduire, compenser". Ces exigences ne sont pas seulement théoriques : elles imposent au maître d'ouvrage de prouver que son projet n'entraînera pas de dégradation significative de l'environnement et que les mesures proposées sont suffisantes pour maintenir les équilibres écologiques.
Dans le cadre du projet de ligne nouvelle Bordeaux - Toulouse, plusieurs aspects juridiques et institutionnels suscitent des interrogations. Le dossier d'autorisation évoque les obligations légales mais ne démontre pas toujours leur respect concret. Les procédures de dérogation pour atteinte à des espèces protégées, la conformité avec les plans et schémas environnementaux, ou encore la répartition des responsabilités dans le suivi et la mise en œuvre des mesures, apparaissent souvent incomplètes ou peu documentées.
La gouvernance environnementale, c'est-à-dire la manière dont les décisions sont prises, suivies et contrôlées, est un facteur clé de crédibilité. Elle doit associer les services de l'État, les collectivités locales, les associations et les experts indépendants dans un cadre transparent et pérenne. Une gouvernance insuffisante affaiblit la portée des engagements et réduit la capacité de contrôle du public.